El cómo se produzca y prepare la comida puede causar contaminación alimentaria.

Animales

Existen muchos microbios trasmitidos por los alimentos que están presentes en los animales saludables, particularmente en sus intestinos, acostumbrados a la comida. La carne y las aves pueden ser contaminadas durante la matanza incluso con el más mínimo contacto con los contenidos de los intestinos.

Las frutas y vegetales frescos también pueden contaminarse si son lavados con agua que ya está contaminada con estiércol de animal o aguas negras humanas.

Manejo de la Comida

Durante el procesamiento de los alimentos, microbios transmitidos por los alimentos son hospedados por un humano infectado que maneja la comida o por contaminación cruzada con otros productos de agricultura crudos. Por ejemplo, Shigella, una bacteria, y el virus Norwalk o Norovirus son introducidos por las manos no lavadas del manejador de alimentos infectado.

Preparación de los Alimentos

En la cocina, los microbios pueden ser transmitidos a otros con el uso del mismo cuchillo, tabla de cortar no lavada, u otros utensilios sin lavarlos entre cada uso. Aunque los alimentos totalmente cocinados pueden también contaminarse de nuevo si se ponen en contacto con las comidas crudas que tienen patógenos.

Almacenamiento del Alimento

Existen muchos microbios bacteriales que se multiplicarán hacia números mayores en alimentos y causar enfermedad. Bajo condiciones calientes y húmedas, la ligeramente contaminada comida que se deja en la noche puede ser altamente infecciosa debido a que los microbios bacteriales se multiplicarán rápido. La refrigeración o congelamiento inmediato evitará que la bacteria en los alimentos se multiplique. Algunas sustancias tales como sal, azúcar, o niveles de ácido pueden evitar que la bacteria crezca en número.

Calentando la Comida

Los microbios son fácilmente muertos por el calor. Cuando la comida se calienta a una temperatura por encima de 160 °F o 78 °C, incluso por varios segundos, puede matar la mayoría de las bacterias, virus, o parásitos. Las toxinas que son producidas por bacterias difieren en su sensibilidad al calor. Por ejemplo, la toxina que causa el botulismo se desactiva al hervirla mientras que la toxina estafilococcica no puede.